「ディープクリーン」の処理前には、バックアップファイルの作成が行われるため、クリーンアップの際に不意のクラッシュなどが起きた場合でも元の状態に戻すことができる。クリーニングの終了後にはデバイスを再起動し、デバイスデータを確認して処理が完了する。

バックアップの復元機能も備える。「あらかじめiTunesで作成したバックアップファイル」または「『PhoneClean Pro』で「ディープクリーン」を行った際に作成されたファイル」のどちらでも、iOSデバイスへの復元を行える。