二つのフォルダで異なるファイルが抽出されたリストが見やすく、同期のために個々のファイルに対して行われる処理（削除、コピーなど）をあらかじめ表示してくれるのでわかりやすい。さらに、リスト上で特定のファイルを処理対象から除外したり、あるいは「逆方向へコピー」など、別の処理に変更したりというように、フレキシブルに設定できるのがよい。

フォルダの同期では、ちょっとした操作の間違えが大きなトラブルにつながる。特に、ファイルを上書きしてしまったあとでは取り返しがつかない。その点「FreeFileSync」では、リスト上のファイルをエクスプローラ上で表示したり、既定のアプリケーションから開いたりといったことも可能なので、ファイル内容を確認した上で、確実に同期作業を実行できる。