劣等生の主人公が、師匠の手紙を届けるために旅に出るファンタジーRPG。「IndeTerminatePLUS ALPHA」は、女神が世界を救ったという伝説のある架空世界が舞台のファンタジーRPG。女神を信仰する「レフェリア教会」では、100人にひとり存在するという「術士」の才能を持つ人材を集め、聖術の訓練を行っている。教会で聖術を学ぶ少年「アレイド」がゲームの主人公。師事するのは、若くして大神官補佐官となり、次期大神官にも嘱望される天才術士「エルシール」だが、アレイド本人は授業中に寝てしまうような劣等生だ。ある日、アレイドは師匠から手紙を届けてくれるよう頼まれる。軽い「おつかい」程度に考えていたが、届け先は陸路で何日もかかる帝都「ジェノシード」だった。
ゲームの最大の魅力といえるのが個性的なキャラクタ。優しくおっとりとした性格の主人公の周りには、なぜか強気なキャラが集まる。旅の仲間となるのは、無銭飲食中の旅の剣士「リーク」のほか、勘と力ですべての問題を乗り切る女戦士「リディア」、数日のうちに二度も隕石落下に巻き込まれた不運な少女「フィーナ」。さらに、エルシールのライバル補佐官の手下や、主人公を常に監視している謎の魔術師、何度も偶然に出会ってしまう女賞金稼ぎなども登場する。
魅力的なシナリオをさらに盛り上げてくれるのが、ストーリー途中に挿入される選択肢システム。ストーリー中の主人公の行動をプレイヤーが決定できるもので、どの選択肢を選んでもエンディングは変わらないが、発生するイベントが変わったり、手に入れられるアイテムが変わったりする。
戦闘は、タイムゲージが満タンになったキャラが1回ずつ行動するアクティブタイムバトル方式を採用。戦闘で重要となるのが「戦闘体勢」のステータスだ。体勢が悪いと攻撃が当たりにくくなったり、敵からの攻撃で大きなダメージを受けてしまったりする。体勢は敵から攻撃などを受けると少しずつ崩れてゆくが、味方の行動時に「体勢」コマンドを選択することで、回復することができる。
各キャラの体勢は、タイムゲージ下の緑色のバランスゲージで確認できる。敵のタイムゲージやバランスゲージも表示されるため、次に攻撃してくる敵や、攻撃しやすい敵もわかる。敵が強くなる後半戦では「特定の敵の体勢を崩しつつ倒す」といった戦術も必要だ。
キャラの戦闘能力の成長方法も特徴的。体力をはじめとした基本的なステータスは、一般的なRPGと同様、敵を倒して経験値を手に入れることでレベルアップする。しかし、必殺技や回復魔法、攻撃魔法といった「スキル」は、技や術を使い込まないと「熟練度」が上がらない。バランスゲージを温存するために通常攻撃ばかりを行っていると、最終的にボスなどの強い敵で必殺技がほとんど効かない羽目に陥る。メインキャラは約5種類のスキルを持っているが、すべてのスキルをレベルアップさせるのは至難の業。「回復はアイテムで実行すると割り切り、攻撃魔法を強化する」など、自分なりのスキル強化策を練る必要がある。
武器は買い換えることができないが、街などで鍛冶師に鍛えてもらうことで、レベルアップさせることは可能。武器を鍛えるためには、所持金はもちろん、キャラの戦闘経験値も関わってくる。