ステージが進むにつれて難度が上がってゆく“難易度インフレ系”弾幕型シューティングゲーム。ボム攻撃が通用しない凶悪なキャラも登場する。「Flew Fighter」は、プレイヤーの腕前に合わせて6種類の設定でプレイできる縦スクロールシューティングゲーム。敵の弾が画面を埋め尽くす弾幕系となっている。用意されたゲームモードは「通常モード」「SPモード」の2種類、難易度は3段階で、両者の組み合わせによって6種類のプレイパターンがある。スタート画面で【←】/【→】を押すことで、モードと難易度を順次切り替えられる(反応が鈍い場合は繰り返し押すか、長押しする)。
「通常モード」は、全6ステージ(+α)構成のオーソドックスな縦スクロールシューティングゲーム。「SPモード」は、ザコキャラが登場するシーンを若干挟んでボスキャラのオンパレード構成。SPモードはステージ分けのない1ステージだが、通常モードには登場しない敵も多数登場する。通常モード/SPモードとも、登場するボスの数などは難易度設定により若干変化する。
難易度は「NORMAL」「HARD」「ACTUAL HELL」から選択できる。NORMALは最も簡単で、弾幕系シューティングとしては手ごろな難易度。HARDは、NORMALに慣れた人向けの設定。敵弾が増えて、敵の攻撃速度もアップする。ACTUAL HELLは、さらに敵弾が増えて弾速も増した、弾幕の嵐といえるモード。そのうえ、凶悪な真ボスも待ち受けている。特に、ACTUAL HELLの最終決戦は、弾幕系作品が得意なプレイヤーであっても手こずること間違いなしの難しさだ。
操作は、キーボードとジョイスティックに対応。カーソルキーで自機を移動して、【Z】でショットを発射する。【X】は「スロー」で、押し続けている間は自機の移動速度が低下する。【C】はボムで、画面左上に表示されるボムマークの数だけ発射できる。
ボムは、発動した瞬間に画面上の敵弾をすべて消滅させたのち、少し時間を置いて周囲の敵にダメージを与える。ショットパワーが最大のときはボムの威力もアップする。ボムが炸裂したあとや自機が破壊されたあとの一定時間は無敵状態となる。
【Z】と【X】を同時に押し続けると、ショットのスタイルがワイド型(前方広範囲に広がる)に変化する(通常のショットは、ほぼ真正面に火力を集中させるストレート型)。対ボス戦など、多くの場合ではストレート型の方が使いやすいが、横に広がりながら群がって襲ってくるザコを一掃するときなどはワイド型の方が使いやすい。2種類のショットをうまく使い分けることがゲームの基本となる。
特定の敵を倒すと出現するパワーアップアイテムを取ることで、ショットの威力を段階的に上げられる。パワーアップしたショットの威力は、敵に自機を破壊されたり、コンティニューしたりしても落ちない。コンティニュー回数も無制限だ。