「Mr.Boon」とその相棒「ポール」を動かして敵をぶっ飛ばす、爽快感あふれるアクションゲーム。「Mr.Boon!!」は、マウスを振り回すだけでプレイできるエキサイティングなアクションゲーム。キーボードやゲームパッドなど使用することなく、マウスを適当に動かすだけでゲームを楽しめる点が特徴。小さな子どもやパソコンの初心者でも、すぐに操作を覚えることができる。
主人公は、マウスの形をした謎の生物「Mr.Boon」。Mr.Boonには、人の手の形をした「ポール」という相棒がいて、二人(?)は伸縮自在のコードで繋がっている。プレイヤーが直接操作できるのはMr.Boonだけ。プレイヤーが操作するMr.Boonの動きが、コードを通してポールに伝わるという仕組み。動きにはある程度の慣性が働くため、ポールはブンブンと振り回されることになる。
ゲームに登場する敵キャラは、振り回したポールをぶつけることで倒せる。ポールはどれだけ敵にぶつかってもダメージを受けることはない。一方、Mr.Boonは敵に衝突するとダメージを受け、ライフがひとつ失われる。
Mr.Boonのライフは最大で3。残りライフは、画面上部の表示とMr.Boon本体の色で確認できる。ライフが3のときは、Mr.Boonの色は緑。2では黄色に、残り1では赤くなる。ライフが1のときに敵に当たると、ゲームオーバーとなる。ライフは、次のサブステージ(画面が切り替わるまで)に移動すると全回復する。残りライフが1になってしまっても諦めずに粘って何とか生き抜こう。また、ゲームオーバーになっても、プレイヤーがギブアップしない限り無制限にコンティニューできる。
ポールを使って敵キャラを倒し続けていると、やがて画面右側に「GoTo NextStage!!」という文字と矢印が表示される。この表示が出たあとでMr.Boonを画面の右端に移動させると、次のサブステージに進むことができる。ただし、移動の途中でもライフを失うとゲームオーバーになる。
Mr.Boonが敵に当たることなく、連続して敵を倒し続けると「チェイン」となる。チェインの数によって敵を倒したときの得点倍率が変化し、エフェクトも変わってくる。Mr.Boonが敵に当たるとチェインが終わり、チェイン数はリセットされる。チェインはスコアに大きな影響を与えるため、なるべく多く繋げられるようにしよう。継続中のチェインは、次のサブステージに移動してもそのまま維持される。
ステージは全3面。各ステージはさらに三つのサブステージに分かれている。一番目と二番目のサブステージにはザコキャラしか登場しないが、三番目のサブステージにはボスキャラが控えている。ボスを倒すことでステージクリアとなるが、ちょっとやそっとのダメージでは倒れない。しかもボスは、飛び道具などを使って積極的に攻撃してくる。