二人組の見習い忍者──ジャッキーとマチルダ──を操作して、空中に浮かぶ「的」に手裏剣を打ちながらゴールを目指すアクションゲーム。マウスだけで操作でき、手軽に遊べる。無敵のカエル変化を上手に使いながら、全12ステージのクリアを目指す。「ジャキマチ忍者修行!!〜完全版〜」は、マウスの左右クリックだけで遊べる“お手軽忍者アクションゲーム”。タイトルの「ジャキマチ」は、ユーモラスな忍者「ジャッキー」「マチルダ」の略で、この二人がゲームの主人公となる。
青い忍者装束を身につけて、前方にいるのがジャッキー。プレイヤーが直接操作できるのはジャッキーのみだ。マウスの左クリックでジャンプし、ジャンプ中に左クリックすると手裏剣を打つ。赤紫の忍者装束を着て、ジャッキーの後方にいるのがマチルダ。マチルダはジャッキーの動きに合わせて動き、マウスの右クリックで無敵のカエル変化を行う。ジャッキー/マチルダの前方への移動は自動的に行われ、プレイヤーが速度を調整することはできない。
ゲームの目的は、ジャッキー/マチルダをゴールに到達させること。ゴールまでの道のりでは、タイミングよくジャンプしながら空中に浮かぶ「的」をめがけて手裏剣を打ち、スコアを稼いでゆく。ただし、地面には所々にマキビシが撒かれている。ジャッキー/マチルダがマキビシを踏むと、ダメージを受けてハートが減る。ハートが0になるとゲームオーバー。ジャッキー/マチルダいずれかがダメージを受けてもハートが減るので、注意が必要だ。
手裏剣のターゲットとなる「的」には2種類がある。ひとつは、表面に二重の円が描かれ、空中に静止した普通の「的」。手裏剣の刺さった位置で得点が異なり、中心に近いほど高得点。真ん中だと100点になる。もうひとつは、表面に忍者の姿が描かれた「敵忍者」。敵忍者といっても攻撃してくるわけではない。ただの「的」だが、空中で上下に移動するため、当てにくい。その分、通常の「的」よりも高得点で、真ん中だと200点が入る。
ステージ上にはいくつかのアイテムが登場する。ひとつは「ハート」。取るとハートが回復する。ただし、プレイヤーのハートの上限は5個。ゴールインした際に、残っているハートの数に応じてボーナス得点が与えられる。「青い巻物」は、取ると手持ちの手裏剣の数が増えるアイテム。「赤い巻物」は、カエル変化の回数を増やしてくれるものだ。
カエル変化は、マチルダがカエルになり、ジャッキーがその上に乗ることで、マキビシのダメージを受けない一種の無敵状態になるもの。ジャンプ力もアップするため、通常では届かない高い位置にあるアイテムを取ったり、高い「的」を狙ったりできる。ただし、カエルに乗っているため、低い「的」には攻撃できなくなる。変化は、残り回数がある間はいつでも自由に行え、再度右クリックするか一定時間が経過することで解除される。
そのほか、手裏剣、変化回数ともにハートと同様、ゴールイン時に残りの数に応じたボーナス得点が与えられる。
用意されたステージは全部で12。ステージごとに「見習い修行ステージ」「特訓ステージ」「中級忍者ステージ」といった名前が付けられている。序盤の5ステージの構成は基本的に同じだが、徐々に難易度が上がってゆく。中盤の6〜8ステージは、毎回マップが変化する「ランダムステージ」、カエル変化をフルに活用する「カエル変化ステージ」、マキビシがなく、手裏剣を打ちまくれるボーナスステージ「連射ステージ」と、やや“息抜き”のステージが続く。終盤のステージは、ジャンプ力がそれまでの2倍になり、カエル変化を使わなくても高くジャンプできる「高飛びステージ」、移動速度が2倍になるため、操作のタイミングがシビアになる「疾走ステージ」などで、それ以前とは趣が異なる。全体的にバラエティに富んだステージ構成となっている。
利用できる画面モードは、フルスクリーンおよびウィンドウ。お気に入りのプレイデータは1ステージ分を保存できる。ハイスコア時のプレイデータも1ステージ分が自動的に保存される。