過去の予言によって宇宙ステーションに招かれた主人公と、16人のガーディアンたちが活躍するSFファンタジーRPG。「Jupiter」は、ユニークな好感度システムが採用されたSFファンタジーRPG。好感度が上がると、気になったキャラクタとイベントを楽しむことが可能。恋愛シミュレーション的な要素も備えている。
ゲームの舞台は、西暦2922年。地球は外宇宙からのエイリアンによる攻撃を受けていた。人類は地球防衛軍を設立し、さまざまな手を尽くして侵略を食い止めているものの、敵を撃破できるだけの戦果を上げることができず、絶望の淵に立たされていた。こうした状況で発見されたのが「予言の書」。1000年以上前の文献で、エイリアンの襲来と、これを打破する可能性のある人間について書かれたもので、「神と、神を守る16人の『ガーディアン』が地球を護る」とあった。
神とガーディアンの特徴は、身体の一部に特殊な形の「アザ」が現れること。主人公は、一般人でありながら身体にアザがあったため、地球防衛軍の宇宙基地に強制入隊させられる。そこで、自分が16人のガーディアンを統べる神、「木星の継承者」であると聞かされる。
ゲームの大きな特徴が、「好感度」システムによる恋愛シミュレーション要素。会話中に選んだ選択肢で、各キャラクタの主人公に対する好感度が変化する。好感度が上がったか下がったかは、選択時の効果音で判断できるようになっている。好感度が上がると、相手キャラクタとの特別なイベントを楽しむことが可能だ。
特別なイベントがない場合は、ミッション遂行後から寝るまでの間に各キャラクタの部屋を訪問することが可能。夜の訪問では、相手キャラクタの趣味や過去、地球での生活などについて質問できる。なかよくなることで、相手の意外な秘密を聞き出せるのもうれしい。ただし、1日に訪問できるキャラクタの数は限られている。
主人公の重要な目的は、宇宙ステーションにある地球防衛軍に配属された新人隊員としてエイリアンと戦うこと。ゲームは複数のエピソードに分かれており、エピソードごとに会議室でミッション内容を確認したあと、ミッションクリアを目指して敵と戦うことになる。
戦闘に参加するパーティの人数は最大4名。ほとんどの場合は強制的に仲間が決められてしまうが、複数の仲間から選択できることもある。ダンジョン攻略中に仲間との会話イベントが発生することもあるので、気に入ったキャラクタがいる場合は必ず連れていきたい。
戦闘は、通常のダンジョン探索のほか、ミッションクリア型のステージと、イベントに連動してはじまるボス戦がある。通常のダンジョンには、「障害物に当たるまで停止できないエリア」や「障害物を押して道を作るエリア」など、パズル的な要素を持つものも用意されている。ミッションクリア型のステージでは、敵の殲滅や特殊オブジェクトの破壊などの勝利条件、パーティの全滅などの敗北条件が設定されている。
ストーリーや仲間とのイベントなどを重視しているためか、敵との戦いは少なめ。ステージ型のミッションでは撃破できる敵の数が決まっており、一定以上のレベルアップはできない。そこで重要になるのが、敵を倒した際に手に入る「BP(ボーナスポイント)」だ。BPをためると、さまざまな物資と交換してもらうことができる。HP回復などの通常物資のほかに、HPやSPのアップ、攻撃力や防御力といったステータスアップアイテムなどが用意されている。仲間のなかには、極端に攻撃力が弱かったり、体力がなかったりうるキャラクタもいるので、これらのアイテムを有効に使い、バランスを取ることが重要だ。