巫女姿の女の子を操り、ステージ内に置かれた「光の珠」を集めて回るステージクリア型のアクションパズルゲーム。2種類の爆弾や穴掘り、蹴りなど駆使して「光の珠」を集めてゆく。「ぼんばらん!2」は、主人公のキャラクタを操作して、行く手を塞ぐ煉瓦壁や竹壁を壊しながら、ステージ内の「光の珠」を集めてゆくアクションパズルゲーム。主人公は「かぐらちゃん」「まいこちゃん」という二人の女の子。ゲーム開始時点では「かぐら」しか使用できないが、ゲームがある程度進むと、「まいこ」もプレイヤーキャラとして登場する。
ルールは簡単で、ステージ内に散らばった「光の珠」──たくさん集めると幸せになれるといわれている──をすべて集め、ステージの最上段まで上ればステージクリア。開始時点では、最上段に達するルートが見当たらないステージもあるが、最後の「光の珠」を取った瞬間に上段への梯子が出現する。ステージは石壁や煉瓦壁、竹壁などで構成された一種の迷路で、簡単には「光の珠」に近づけない。ステージによっては「くぐつ」と呼ばれる敵キャラが登場し、主人公キャラの行く手を阻む。
主人公キャラの移動は、左右への走行、鉄棒を使っての横方向、梯子を使っての上下方向、上から下への飛び降りが可能。「光の珠」へのルートを開くためには、爆弾や穴掘り、炎といったアイテムや技が用意されている。壁が煉瓦壁または竹壁の場合は、爆弾などで壊すことができる。ただし、壁は破壊されても、一定時間後に復活する。
爆弾は、主人公キャラの前に設置できるが、3段階の力で蹴飛ばして、離れた場所に置くことも可能。爆弾には赤と青の2種類がある。赤い爆弾はすぐに取り出せるが、導火線に火がついており、一定時間経過後、自動的に爆発する。主人公キャラが爆風に巻き込まれてしまうとアウトになるため、赤い爆弾を置いたら、すばやく避難しなければならない。青い爆弾はフリーズボムとも呼ばれ、誘爆しない限り爆発しない。足場などに使うことも可能だが、取り出すのに少し時間がかかる。
爆風を避ける距離が取れない場合や、すばやく床に穴を開けたい場合には、爆弾を使うより穴掘りが効果的。急いで掘れば、最大4層まで掘れる(それ以上は、どんなに急いでも床の復活に追いつかれてしまう)。進行方向にしか設置できない爆弾と異なり、穴掘りは左右どちらの方向でも可能。追いかけてきた「くぐつ」の撃退にも適している。
炎は、爆弾が触れると起爆させられるもの。ただし、主人公キャラが触れてしまったら、その場でアウトになる。ステージによっては「スイッチ」が用意されており、スイッチを蹴ることで、炎を消して通り抜けられる状態にできる。
ゲームモードは「Play Mode」「V.S. Mode」「Demo Mode」の3種類。「Play Mode」はゲームのメインで、ステージ数は全部で100。3ステージごとに「エリア」と呼ばれる単位に分割されている。エリアのうち、1ステージでもクリアできると、次のエリアのステージを選択できるようになる。1ステージをクリアするたびに「画面切り替えパネル」のブロックがひとつ消え、「かぐら」「まいこ」のCGが少しずつ見えるようになるというおまけもある。
「V.S. Mode」は2P対戦用のモード。二人のプレイヤーがステージで戦い、相手を倒すことを目的とする。ステージクリアはなく、どちらかが「くぐつ」に捕まるか、相手を穴に埋めたり、爆弾で倒したりするまでゲームが続く。
「Demo Mode」は、ユーザが直接プレイするモードではなく、ゲームのルールやテクニックを解説してくれるもの。「Play Mode」でクリアしたステージが増えるにつれ、少しずつ見ることのできるデモが増えてゆく。
そのほか、「Edit Mode」でオリジナルステージを作成することが可能。操作キーのカスタマイズやキャラの動作速度を変更することもできる。