PDF書類の閲覧のほか、ページ単位の削除や複製、順序変更などの機能を備えたソフト。PDF書類上へのテキスト・図形の追加や画像の読み込み、書類の分割、別のPDF書類との統合なども可能。「PDFpen」は、PDF書類に対してさまざまな表示機能・編集機能を持つユーティリティ。選択できる表示スタイルは、「単一ページ」「見開きページ」「全ページ(一覧)」「見開き全ページ」。「単一ページ」「見開きページ」ではサイズの拡大・縮小、実寸表示、ウィンドウ幅表示などが可能。ページの回転機能があり、時計回りまたは反時計回りに90度ずつ回転させることができる。「全ページ」「見開き全ページ」は、サムネイルとも呼べるもので、特定ページのダブルクリックで、「単一ページ」表示に切り替わる。
編集機能では、選択したページのコピー/カット&ペースト、移動、削除を行えるほか、空白ページを挿入することもできる。また、他のPDF書類を読み込んで、任意の場所に挿入したり、選択中のページと差し替えたりすることも可能だ。ページ操作は「全ページ」「見開き全ページ」で実行するのが基本。メニューから操作できるほか、ページを直接、マウスでドラッグ&ドロップして行うことも可能だ。
テキストツールとドローツールが用意され、PDF書類上にテキストや図形を挿入することが可能。画像(イメージ)ファイル(JPEG/TIFF/PSD/PDF)を挿入することもできる。テキスト/図形/画像は、オブジェクトとして貼り付けられ、あとから移動したり、内容やサイズを変更したりすることが可能だ。テキストではフォント、サイズ、カラーの文字設定、行揃えや行間などの書式設定、行単位のタブ設定が可能。ドローでは、直線/円/四角形/角丸四角形を描けるほか、マウスによるフリーハンドの描画も可能だ。画像をトリミングして、一部分だけを読み込むといった機能もある。
各オブジェクトには、不透明度を設定できる(PDFイメージを除く)。オブジェクトを任意の「濃さ」で表示し、背後にある書類が透けて見えるようにすることが可能だ。さらに、自分で作成した図形や画像ファイルをライブラリとして登録し、簡単に呼び出すこともできる。
そのほか、AppleScriptを利用した自動処理にも対応。印刷機能も備える。