戦闘に参加する仲間を自由に決められる、正統派のファンタジーRPG。キャラごとに得意な戦闘方法が異なり、パーティ構成によって戦略が変化する。「紅い太陽*蒼い月」は、魔法使いの少女ミーネを主人公としたファンタジーRPG。ミーネは、子どものころに突然失踪した父親の消息を探るため、トレジャーハンターの職に就くことを決意する。ユーザはゲームのプロローグで、「赤い魔石」か「青い魔石」のどちらをミーネが父親から受け取るかを選択させられ、選んだ石によってミーネが使える魔法属性が変化する。
本編はミーネが18歳になり、冒険者ギルドでトレジャーハンターの登録を行うことからはじまる。登録後は、ギルドの主人に声をかけて、依頼を受けることができる。依頼は常に何種類か用意されており、内容は魔物の討伐から特定のアイテムを手に入れるといったものまで幅広い。
ギルドからの依頼を達成するには、魔物が徘徊する地域で「魔物退治」を行うなど、戦闘を要する場合が多い。ミーネは攻撃魔法を得意とするが、物理的な攻撃や防御力はあまり高くない。そのため、戦闘時に頼りになるのが「仲間」の存在だ。
仲間にできるキャラクタは通常、ギルドの奥にある寄り合い所にいる。戦闘地域に移動する前に声をかけることで、無償で戦闘に参加させることができる。武器による物理攻撃を得意とする聖騎士や、回復魔法や補助魔法を得意とするエルフ族など、それぞれ異なる特徴を持つ。また、ある依頼を実行すると、大きな攻撃力を持つ魔導術士を仲間にできるようになったりもする。
ただし、同行させられる仲間は二人まで。「物理攻撃に弱い敵が多い戦地」「毒などで回復魔法を重用するダンジョン」など、戦闘地域の特性に合わせてキャラクタを選択するのがポイントとなる。仲間はいつでも入れ替えられるので、戦闘先で不利になったら、ギルドに戻ってパーティ構成を変更すればよい。
依頼を達成していくに従って、仲間の過去やミーネの父親の行方、そして父からもらった魔石の正体など、さまざまなストーリーが展開されていく。