いくつものパーティがそれぞれの思惑に従って活躍する複数主人公制のRPG。演出とストーリーが重視され、50名以上のキャラが喋る。「FREEJIA〜回帰の果てに〜」の舞台となるのは、この世(ガイア)の中心に位置する巨大都市国家・聖ヘレンズ帝国。帝国の新王ブレイドIII世は「王は神の存在に等しい」とする「ゾルダーク教」を提唱する。この教えを受け入れず、前王が唱えた「リ・シェル教」を信奉する人々を王国に仇なす者と見なし、異教徒狩りを行って次々と処刑していた。
物語は、多くの登場人物の思惑が絡まり合って流れてゆく。王国の支柱ともいえる四大将軍の一人であり、自らの義務に従い帝国のために危険な任務を遂行しつつもその方針に強い抵抗を覚えるカイン・ヴァンス。人間同士が愚かな争いを続ける混乱に乗じて、魔王ヴェイクの復活をもくろむ4人の魔将軍たち。異教徒狩りから身を隠しつつも明るい日常を過ごしていた少女フリージア。そして、リナやユウらカイン以外の四大将軍。異教徒反乱軍のリーダー、ディア……。これらの人々の思惑が大きな物語を形作ってゆく。
ゲームの基本は、行く手に現れるモンスターなどと戦いながら、経験値を稼いでレベルを上げ、お金を稼いでアイテムを買い揃えるという、RPGとしては一般的なもの。ただし、「調理」「練金」という二つのユニークなシステムがある。調理は、4種類の食材を使って料理(回復アイテム)を作るもので、練金は、3種類の原石からさまざまなアイテムを作り出すもの。調理・錬金の二つのシステムで入手できるアイテムは、店では買うことができないものが多く貴重だ。特に、料理にはMPを回復できるものがあり、店で買える回復アイテムより効果が高い。