偶然見つけた石を巡って、魔法アカデミーに所属する3人の生徒がさまざまな冒険に巻き込まれるファンタジーRPG。「ドラゴン・ストーン」は、魔法を教える「ヴァン・アカデミー」に通う3人の生徒の冒険を描いたファンタジーRPG。主人公のスエッジは、落第すれすれの落ちこぼれ魔法使い。しかも、遅刻や欠席の常習犯のため、単位も常にぎりぎりだ。ある日、スエッジは補習で、優等生で幼なじみの少女ルナと、獣人族の友人ログの3人で「風のかけら」を手に入れる課題を与えられる。ところが、課題達成後に3人は不思議な石を見つけ、アカデミーに持ち帰ってしまう。一行が知り合いの冒険者にその石を鑑定してもらうと、それは「ドラゴン・ストーン」と呼ばれる強大な力を秘めた石であることが判明する。石を見つけて以来、突然現れるドラゴンや、レアアイテムを集める盗賊団の出現など、主人公の周りにさまざまな事件が勃発する……というストーリー。
戦闘やダンジョンの攻略は基本的に4人までのパーティを組んで行う。複数で行動する場合、「メニュー」+「決定」ボタンを同時に押すことで、先頭に立つキャラを変更することが可能だ。このとき、先頭キャラが装備しているアイテムにより、装備効果を発動できる。装備アイテムには、小さな谷や段差を飛び越えられる「風の腕輪」、行く手を邪魔する草などを焼き払う「フレイム・リング」、特定の石や壁を壊す「アース・ハンド」などがある。これらの能力をうまく利用してダンジョンの奥を目指すのが基本的な攻略方法だ。
攻撃は、武器攻撃のほか、精霊魔法と通常魔法が利用できる。精霊魔法は、精霊を倒した際に一定の確率で手に入れられるアイテムを利用した魔法で、パーティ内の全員のアイテムが使える。MPなどを消費しないという特徴があるが、ひとつのアイテムにつき1回しか利用できない。一方、通常魔法は各キャラが習得している魔法のことで、キャラごとに使える魔法が異なり、使用するのにMPを必要とする。ゲーム内にMPを補充するアイテムはないが、「マジック・スポイル」という魔法を使うことで、敵からMPを奪うことが可能だ。ただし、通常魔法は精霊魔法と比較すると威力が弱いことが多い。
モンスターや精霊を倒すと一定の経験値が入り、レベルアップが可能だ。レベルアップすると、基本レベルが向上するほか、四つの選択肢からさらに能力を上げることができる。上げられる能力の組み合わせはキャラによって変わる。