いきなり村長がいなくなった村で、村長に立候補した少女を成長させ、村を発展させるという設定のRPG。「リーフ村村長物語」は、立派な村長になれるよう少女を成長させながら、同時に村人たちに指示を与えて村を発展させる、育成ゲームの要素を備えたユニークなRPG。主人公のひなたは、釣りが大好きでマイペースな、ごく普通の女の子。リーフ村を思う気持ちでは誰にも負けない彼女は、突然村を出ていってしまった村長に代わって村をよくしようと決心をする。しかし、あまりに若すぎ、しかも平凡な彼女で大丈夫だろうかと村人たちは不安がる……というストーリー。
ひなたが村長になるためには、10日後に控えた村長選挙の演説会で3人の対立候補に勝つ必要がある。鍛えるべきひなたのスキルは全部で6種類。本を読んで魔力(MP)と知識(INT)を向上させ、音楽を練習して俊敏性(SPD)を上げる。農作業を手伝って体力(HP)を増強し、武術を訓練して攻撃力(STR)と防御力(DEF)を高める。教会でお祈りをして、ランダムに能力を向上させるという不確実な方法もある。
ひなたは、空腹になると学習効率が落ちるので、たまには魚釣りなどをして食料を確保する必要がある。ひなたの活動時間は、朝の9時から夕方の5時までの8時間。この限られた時間を有効に使って、ひなたの能力をムラなくアップさせるのがプレイヤーの役割。
立派な演説ができて無事村長として認められたら、次は村の方針を決定しなくてはならない。命令は、村をモンスターなどの襲撃から守るための「戦闘訓練」、村を活性化し、人口を増やすための「商業開発」、村人の食料を確保するための「食糧調達」、村人の不満を解消するための「休暇」の4種類。この中から毎朝ひとつを選んで指示を与える。そのほか、村人のために武具などを買い調え、装備させる必要もある。もちろん、ひなたの能力は村の発展に影響を及ぼすので、彼女自身の能力もアップさせ続ける必要がある。